Một trong những
khó khăn lớn nhất khi ứng dụng ERP ở VN là sự khác biệt giữa phương pháp
hạch toán kế toán (KT) trong hệ thống ERP và các phương pháp tổ chức
hạch toán KT truyền thống của các doanh nghiệp (DN). Đây là vấn đề chung
đối với hầu hết các DN VN khi sử dụng các giải pháp ERP, nhất là giải
pháp ERP của nước ngoài.